W średniowiecze judaizm wkroczył jako ujednolicony religijnie system monoteistyczny. Znalazł się w kręgu wpływów chrześcijaństwa i islamu. Stosunki pomiędzy wyznawcami judaizmu a chrześcijanami nie były dobre. Już w I wieku mędrcy (rabini) zaprzeczyli twierdzeniom, iż Jezus był Mesjaszem. Z upływem wieków narastała wrogość chrześcijaństwa do Żydów. Inny stosunek miał do nich islam. Jednak i na tym polu dobre warunki zmieniły się, gdy w połowie XI wieku pojawienie się tureckich Seldżuków zapoczątkowało nowy okres w dziejach islamu i kalifatu. Wraz z dominacją Turków nastały ciężkie czasy dla Żydów na terenie Babilonii. Toteż w X wieku wielu z nich a szczególnie uczeni, osiedliło się w Hiszpanii, gdzie rozwijali się pod tolerancyjnym panowaniem Maurów.
Na Bliskim Wschodzie a szczególnie w Babilonii pod wpływem nacjonalizmu religijnego pojawiły się kręgi odrzucające Talmud. Jego zwolenników nazywano Karaimami (hebr. czytać). Za podstawę swej wiary przyjmowali tylko Pięcioksiąg. Rozprzestrzenili się niewielkimi grupkami w całym żydowskim świecie. Obecnie jest około 12 tys. Karaimów.
W średniowieczu rozwinął się także prąd racjonalistyczny, który występował przeciw Talmudowi, kwestionował wartość Biblii i samo istnienie Boga. Duży wpływ na kształtowanie się judaizmu miało także dzieło Saadii – przełożonego akademii talmudycznej w Surze pt. “Sefer haemunot wehadeot” – księga wierzeń i poglądów. Było to dzieło polemiczne z kacerskimi ugrupowaniami a szczególnie Karaimami. Próbował on dostarczyć wątpiącym racjonalnych podstaw zrozumienia Tory.
Na czoło myśli żydowskiej wysunął się w X w . n.e. ośrodek w Hiszpanii, który przez kilka następnych wieków odgrywał ważną rolę i wywarł znaczny wpływ na judaizm w średniowieczu. Żydowska akademia w Kordowie założona w X w . n.e. wydała wielu wybitnych uczonych. Uważa się, że największym przedstawicielem tej religii w tamtym okresie był Mosze ben Majmon(1135-1204 r. n.e.) znany jako Mojżesz Majmonides. Stworzył on wiele ważnych dzieł. W utworach tych pragnął podać w zwięzły sposób aktualnie obowiązujące prawo. Głównym jego wkładem jest “Przewodnik zakłopotanych”. Interpretując Torę w świetle filozofii odrzucił on dosłowne rozumienie niektórych tekstów biblijnych. Wiarę zaś uważał za sprawę przekonania opartego na filozoficznym zrozumieniu. Wokół dzieła Majmonidesa narosły namiętne dyskusje, które przybrały formę konfliktu dzielącego w ciągu ponad wieku cały judaizm na dwa przeciwstawne obozy, ale ostatecznie uznano pozytywne treści jego doktryny i w następnych wiekach wywierały one powszechny wpływ na kształt religii.
Żydów zamieszkujących Hiszpanię nazywano sefardyjczykami, zaś mieszkających w krajach germańskich aszkenazyjczykami. Ci pierwsi byli zwolennikami babilońskiego judaizmu, natomiast drudzy tradycji palestyńskich uczonych.
Punktem zwrotnym w dziejach Żydów i ich religii w chrześcijańskiej już wówczas Europie były wyprawy krzyżowe. Proklamował je Kościół, który zamiast zacząć od walki z niewiernymi z Ziemi Świętej skierował swój wybuch nienawiści przeciw Żydom. Ich masakry ze względu na stanowczą odmowę przyjęcia chrześcijaństwa powtarzały się w I – 1096 r. n.e., II – 1147-1149 r. n.e. i III – 1189-1192 wyprawie krzyżowej. Wypędzono ich z Anglii w 1290 r., z Francji w 1394 r., skąd skierowali swe kroki na wschód, w tym na tereny Polski. Ci, którzy pozostali we Włoszech, Austrii i Niemczech musieli mieszkać w odizolowanych gettach.