Skutkiem powszechnego zepsucia pojęć i zasad kanonicznych, trybunał inkwizycyjny, chociaż duchowny, przyznawał sobie prawo oznaczania wszelkiego rodzaju kar doczesnych, wyjąwszy kary śmierci, i jeżeli nie miał władzy jej wyrzekania, dla kompensaty ustanowił, że skazani będą relaksowani t. j. wydawani w ręce sędziów świeckich, którzy wtedy zmuszeni byli skazywać ich na męki.
A tak, od lekko podejrzanych o błędy heretyckie aż do heretyków formalnie zatwardziałych i heretyków recydywistów, każdy z tych nieszczęśliwych ponosił kary i pokuty, wzbudzające koniecznie żywe oburzenie przeciw trybunałowi, który je naznaczał w imieniu Boga miłosiernego i dobrotliwego.
Najmniejszej karze podlegał obwiniony, uważany za lekko podejrzanego. Winien on był najpierw zgodzić się na uroczyste wyprzysiężenie się herezji, o jaką był podejrzany, następnie przygotowywano rodzaj obrzędu, na który zapraszano z góry wszystkich mieszkańców miasta. W dniu oznaczonym duchowieństwo i lud zbierali się w kościele–, oskarżony, lekko podejrzany, umieszczony był na wzniesionym tam rusztowaniu, gdzie stał z odkrytą głową. Odprawiano mszę świętą, a inkwizytor, przerywając służbę bożą, po epistole, miał kazanie przeciw heretykom. Po czym podawano skazanemu krzyż i Ewangelię, i kazano mu złożyć wyprzysiężenie się, które powinien był podpisać, jeżeli pisać umiał-Następnie inkwizytor udzielał mu rozgrzeszenia, nawracał go, i nakazywał następującą pokutę:
„W dni Wszystkich Świętych, Bożego Narodzenia, Trzech Króli i Najświętszej Panny Gromnicznej, tudzież każdej niedzieli postu, nawrócony miał się znajdować w katedrze i asystować procesji w koszuli, boso, z rękami na krzyż złożonymi; biskup lub proboszcz powinien go wtedy biczować, wyjąwszy niedzieli kwietniej, kiedy nastąpi pojednanie. W popielcową środę w tenże sam sposób powinien był znajdować się w katedrze, gdzie na cały czas postu wyganiano go z kościoła, w przeciągu zaś tego czasu powinien byt stać u drzwi, i stamtąd asystować służbie bożej. Zajmie to samo miejsce w „Wielki Czwartek, kiedy znowu nastąpi pojednanie. Każdej niedzieli postu będzie w kościele, gdzie po pojednaniu wróci na swoje miejsce u drzwi, zawsze nosić będzie na piersiach dwa krzyże, koloru różnego od odzieży.”
Ta pokuta trwać miała przez lat trzy dla lekko podejrzanych o herezyjne błędy, pięć lat dla mocno podejrzanych, a siedem dla gwałtownie podejrzanych.
Heretycy formalni i dogmatyzujący, żądający nawrócić się, mieli po wyprzysiężeniu się i otrzymaniu rozgrzeszenia, być zamknięci w więzieniu aż do śmierci.
Jeżeli oskarżony był heretykiem zatwardziałym lub upornym, skazywano go na oczyszczenie chociaż nie był recydywistą. Zdarzało się jednak niekiedy, iż potrafiono go nawrócić przed auto-da-fe; w takim razie nie ginął, lecz zamykano go w więzieniu na zawsze.
Heretyk recydywista nadaremnie oświadczał się z postanowieniem powrotu do wiary; nie mógł już w żaden sposób uniknąć .kary śmierci; wyświadczano mu jedynie tę łaskę, iż zwalniano go od mąk na stosie. Kat dusił go przed wydaniem na ogień.
Skazywano zaocznie obwinionych, którzy albo uciekli z więzienia, albo też takich, których nie można była aresztować, palono ich wyobrażenia. To samo działo się z kośćmi heretyków zmarłych przed nawróceniem.
A tak, inkwizycja nie przebaczała nikomu; obecni, nieobecni, a nawet umarli, zarówno figurowali haniebnie w auto-da-fe.
Niezależnie od wspomnianych kar i pokut, inkwizytorowie wymierzali jeszcze kary pieniężne, jak całkowita lub cząstkowa konfiskata majątku obwinionych i kontrybucje, stosownie do okoliczności. Wygnanie, deportacja, infamia, utrata urzędu, zaszczytów i godności, należały także do liczby kar wymierzanych przez inkwizycyjne trybunały.
Ważną była okolicznością w wyrokach świętego oficjum formuła, umieszczona na końcu, dotycząca oczyszczenia skazanego, w której inkwizytorowie prosili sędziego świeckiego, aby nie stosować kary głównej. Prośba ta zawsze tylko stanowiła formalność dyktowaną przez obłudę; liczne bowiem przykłady przekonywają, że skoro sędzia, stosując się do tej prośby, nie wydawał winnego na karę, to inkwizycja ścigała jego samego, i brała pod sąd jako podejrzanego o herezję, z uwagi, że niedbalstwo sędziego w wykonywaniu praw cywilnych przeciw heretykom, dostatecznie już czyniło go podejrzanym.
Zakończamy ten rozdział zamieszczając tu w całości akt świętego Dominika, dotyczący nawrócenia jednego heretyka. Ten dokument z pierwszych czasów inkwizycji, da dokładne pojęcie o srogości kar, wymierzanych na osoby w owym czasie nawracane, i przekona, że jeżeli Ś-ty Dominik nie szczycił się sławą założenia inkwizycji, jak o tern zapewniali niektórzy pisarze, to godnym był przynajmniej stać na czele inkwizytorów. Oto ów akt:
„Wszystkim wiernym chrześcijanom, którzy otrzymają ten list, Fr. Dominik, kanonik z Osmy, najniższy z grzeszników, pozdrowienie w Jezusie Chrystusie.
„Na mocy upoważnienia księdza de Citeaux, legata świętej apostolskiej stolicy (którego obowiązani jesteśmy reprezentować), nawróciliśmy oddawcę tego pisma, Roberta Ponce, który za łaską Bożą opuścił sektę heretyków; i rozkazaliśmy mu (po otrzymaniu obietnicy pod przysięgą, iż wykona nasze rozkazy), aby przez trzy następne niedziele, zdjąwszy odzież, pozwolił się prowadzić od bramy miasta aż do bramy kościoła, księdzu, który go będzie ciąć rózgami. Również nakazujemy mu za pokutę, aby nie jadł ani mięsa, ani jaj, ani sera lub wszelkiego innego posiłku pochodzącego z królestwa zwierzęcego, a to przez całe życie, wyjąwszy w święta „Wielkiejnocy, Zielonych Świątek i Narodzenia Pańskiego, w które mu takowe jeść dozwalamy, a to na znak wstrętu do dawnej herezji; aby trzy razy do roku odprawiał post wielki i nie jadł przez ten czas ryby; aby przez całe życie pościł trzy razy na tydzień, wstrzymując się od ryby, oliwy i wina, wyjąwszy w razie choroby lub ciężkiej pracy według pory; aby nosił odzież religijną, tak co do kształtu jako i koloru, z dwoma małymi krzyżami wyszytymi na każdej stronie piersi, aby jeżeli to łatwo nastąpić może, każdego dnia wysłuchał Mszy świętej, a w niedzielę i święto znajdował się na nieszporach; aby pilnie odmawiał modlitwy dzienne i ranne, a „Ojcze Nasz” po siedem razy w dzień, po dziesięć wieczorem, a po dwanaście o północy; aby żył czysto, i aby to pismo okazywał raz w miesiąc proboszczowi swojej parafii, w Cereri, któremu rozkazujemy, aby był uważany za heretyka, krzywoprzysięzcę i wyklętego i aby był wydalony z towarzystwa wiernych.”