Prawie siedemdziesięcioletni starzec, pełny dumy i żółci, równie surowy i okrutny jak Torquemada, po kardynale Loaisie nastąpił na arcybiskupstwo Sewilli i na urząd wielkiego inkwizytora Hiszpanii; był nim Ferdynand Valdes. Niebo w gniewie swoim pozwoliło, aby życie tego fanatyka przedłużyło się poza kres zwyczajny. Valdes jeszcze przez lat dwadzieścia sprawował swój urząd.
Ten ósmy generalny inkwizytor przez cały czas swojego zarządu okazywał najbardziej krwawe usposobienia; a gdy sprawy o judaizm podsycające stosy świętego oficjum przed jego nominacją stały się mniej liczne, Valdes znalazł wielką tego kompensatę w sprawach o luteranizm.
Kiedy papież Paweł III uznawał Maurów Grenady za zdolnych do wszelkich urzędów cywilnych i duchownych beneficjów, a Karol V ponawiał rozkaz swój z r. 1538 na korzyść nawróconych Amerykanów i Indian, generalny inkwizytor Valdes starał się u tego samego papieża o pozwolenie skazywania lutrów na karę ognia, choćby nawet nie byli recydywistami i prosili o pojednanie z kościołem. System taki wytoczył potoki krwi i rozniósł trwogę w całej Hiszpanii, tak z powodu liczby, jak i jakości osób straconych lub nielitościwie prześladowanych przez inkwizytorów. Valdes był także pierwszą i prawdziwą przyczyną rozkrzewienia się złego gustu w naukach kościelnych, który tak dalece wzmógł się, iż z wyjątkiem małej liczby umysłów umiejących się go ustrzec, panował w Hiszpanii od czasu wprowadzenia tam jezuitów aż do ich wygnania. Stosy w Valladolidzie, Sewilli, Toledzie, w Murcji i wielu innych miastach, świadczyły o tryumfie systemu ciemnoty podtrzymującego inkwizycję. Prześladowała ona wielu uczonych teologów, którzy się znajdowali na koncylium w Trydencie, ponieważ dosyć było znać języki wschodnie, aby wpaść w podejrzenie o luteranizmie.
Wiele także zajmował Valdesa zakaz książek; najbardziej starał się o przeszkodzenie sprowadzaniu takich, co by mogły przyczyniać się do rozkrzewienia błędów Lutra i innych niemieckich komentatorów. Rada Najwyższa i Karol Piąty doskonale wspierali widoki generalnego inkwizytora; z rozkazu cesarza ogłoszono liczne indeksy, ułożone przez uniwersytet w Leodium i przez komisję hiszpańską, i powtórnie nastąpiły jak najściślejsze poszukiwania w całej Hiszpanii.
Pomiędzy uczonymi, których prześladował Val-des przed śmiercią Karola V, postrzegamy Bartłomieja Carranzę, arcybiskupa z Toleda; generalny inkwizytor uwziął się na niego z całą zajadłością, a prawdziwym jej powodem była raczej zazdrość aniżeli gorliwa wiara. W tymże czasie aresztowano także Jana Bożego, założyciela zakonu Szpitalników, poświęconego pielęgnowaniu i pilnowaniu ubogich chorych, jako podejrzanego o magię i czarnoksięstwo, a pobożna jego filantropia byłaby go niezawodnie doprowadziła do więzienia świętego oficjum, gdyby papież nie był się temu oparł. Pewnego kaznodzieję aragońskiego, równie przekonywającego jak wymownego, zwanego doktorem Egidyusem, z powodu rozległych jego wiadomości, skazano z razu na pokutę, jako gwałtownie podejrzanego o luteranizm. Gdy zaś cesarz mianował go później biskupem Tortozy, nienawiść inkwizytora ku niemu jeszcze bardziej wzrosła; zamknięto go w więzieniu świętego oficjum. Postępowanie i obyczaje doktora Egidyusa były tak czyste, iź sam cesarz wystąpił w jego obronie i pisał za nim, wypuszczono go na wolność, po czym zaraz umarł.
Mimo tego inkwizytorowie nie opuścili swojej zdobyczy, pamięci jego wytoczono trzeci proces; święte oficjum oświadczyło, że umarł heretykiem, odkopano jego trupa, a wyobrażenie spalono na uroczystym auto-da-fe majątek zaś skonfiskowano. Egidyus był uczniem Rodrigueza de Yalero, którego postępowanie z razu zbyt nieporządne, nagle tak się zmieniło, że usunął się od świata i całe dni tudzież część nocy poświęcał czytaniu i rozważaniu Pisma Świętego. „Wszędzie gdziekolwiek spotykał mnichów i księży, wyrzucał im, że się oddalili od czystej nauki Ewangelii, i na koniec został jednym z apostołów zdań Lutra i jego współbraci. Yalero do tego stopnia posunął swą gorliwość, że inkwizycja, która go uważała z razu za szaleńca, z powodu nieochędóstwa w odzieży, na koniec aresztowała go; osądzono go jako heretyka, luteranina, apostatę i fałszywego apostoła; w skutek tego zabrano mu własność i skazano na wieczne więzienie. Niepodobna by było ukończyć tej krótkiej historii, chcąc wchodzić we wszelkie szczegóły sławnych proces-sów, którymi się zajmowała inkwizycja, jedynie za rządów Valdesa; rozbierzemy znaczniejsze z pomiędzy nich, po ukończeniu historii inkwizycji.
Uważamy tu jednak za konieczność przytoczyć okrucieństwa, jakich się dopuściło święte oficjum w sprawie Maryi Burgundzkiej. Ta kobieta miała lat 85, gdy ją denuncjował niewolnik, utrzymujący, że słyszał jak mówiła że chrześcijanie są ludzie bez czci i wiary; zaraz ją aresztowano jako podejrzaną o judaizm; a w braku dostatecznych dowodów, inkwizytorowie zatrzymali ją w więzieniu, oczekując na nowe wyjaśnienia. Po bezskutecznym przez lat pięć na takowe oczekiwaniu, Marię mającą wtedy lat 90 wzięto na tortury, pomimo wyraźnego przepisu Rady Najwyższej, zabraniającego stosować ten środek do osób bardzo wiekowych. Maria odważnie wytrzymała tę okrutną próbę, lecz w kilka dni potem umarła w więzieniu, opierając się ciągle przy swojej niewinności. Tymczasem inkwizytorowie, nieprzyznający się nigdy do niesłuszności, ciągle prowadzili proces przeciw pamięci tej nieszczęśliwej i skazali ją jako heretyczkę, żydówkę. Kości jej i wyobrażenie rzucono w ogień, bardzo znaczny majątek zabrano na skarb, a dzieci i potomków oddano na zniewagę. Morderstwa tego dopełnili inkwizytorowie Murcji, w roku abdykacji Karola V. Z trudnych do wyjaśnienia przyczyn, monarcha
ten zrzekł się korony na rzecz syna swojego Filipa II, dnia 16 stycznia 1556 r., po czterdziestoletnim panowaniu; schronił się do klasztoru mnichów hieronimitów Świętego Justa w prowincji Estremadury i umarł tam 21 września 1558 r. w wieku lat 58. Niektórzy historycy twierdzili, że Karol Piąty w swoim ustroniu podzielał zdanie niemieckich protestantów; zapewne mniemanie to zupełnie fałszywe i nieprawdopodobne, albowiem nie tylko umarł jako katolik, lecz pozostawił synowi instrukcje, wzywając go, aby naśladował ojca i gorliwie pracował nad wytępieniem i ukaraniem heretyków, nie wyłączając żadnego winnego, jakiekolwiek zajmował stanowisko. Monarcha ten nadto żądał od syna swojego, aby wszędzie protegował święte oficjum inkwizycji. Czterdzieści lat jego panowania nadało temu trybunałowi trwałość, którą trudno byłoby przewidzieć przy wstąpieniu jego na tron, kiedy Hiszpani i Flandrowie spiskowali razem w celu zreformowania procedury. Karol Piąty nie tylko nie dotrzymał słowa danego reprezentantom Kastylii i Aragonu, ale ciągle opierał się wprowadzeniu wszelkiej reformy, mimo wszelkich nadużyć, jakie sam przyznawał. Kilkakrotnie ofiarowano temu monarsze ogromne summy pieniężne, byle się zgodził na zniesienie przez formalny rozkaz niegodnego sekretu inkwizycji, a nigdy nie chciał za tę cenę zaopatrzyć się w fundusze, tak często mu potrzebne na koszty podróży i różnych przedsięwzięć. Tyle gorliwości dla świętego oficjum i taka uporczywa wytrwałość sprawiła, iż mówiono, że był Donkiszotem wiary, poprawiaczem błędów i mścicielem zniewag Jakie heretycy wyrządzali katolickiej religii.
Pomimo takiego postępowania Karola Piątego, papież Paweł IV kazał rozpocząć proces przeciwko niemu i przeciw jego synowi Filipowi, obwiniając ich o odszczepieństwo i sprzyjanie luteranizmowi. Gdy pierwszą część tego procesu przesłano urzędowemu promotorowi izby apostolskiej, ten zażądał, aby Ojciec Święty ogłosił Karola Piątego za pozbawionego cesarskiej i hiszpańskiej korony z jej przy należnościami, aby wydano ekskomunikacją bullę przeciw niemu i jego synowi, i aby ludy Niemiec, Hiszpanii, Włoch, a szczególnie Neapolu, zwolnione zostały od złożonej mu przysięgi na wierność i posłuszeństwo. Jakkolwiek Paweł IV od dawna tchnął nienawiścią dla Karola V i jego syna, jednak polityka nie dozwoliła mu zgodzić się na żądanie urzędowego promotora. Stary papież poprzestał na zawieszeniu sprawy w stanie w jakim pozostawała, odkładając wznowienie jej do czasu, który uzna za stosowniejszy. Tym sposobem zmuszał swoich nieprzyjaciół do oględniejszego postępowania i długo powstrzymywał ich obawą ekskomuniki.
W pierwszych latach swojego panowania Karol Piąty urządził inkwizycję w pośród poddanych swoich hrabstwa Flandrii, która na początku ustanowienia swojego okazywała się niezmiernie srogą; wymierzała kary podobnie jak hiszpańska, i daleko je bardziej zwiększała, zastosowując w mnóstwie wypadków. W roku 1527 święte oficjum w Leodium samo wyprawiło kilka auto-da-fe, na których figurowała znaczna liczba osób. We dwa lata później Karol V ogłosił straszliwe edykty przeciw heretykom; ponowił takowe w r. 1531, lecz z niejakie-mi ulgami, które się następnie utrzymały.
A tak przebiegając panowanie Karola Piątego widzimy, że w każdej epoce protegował inkwizycję i inkwizytorów, i że troskliwość o zbawienie swoich poddanych posuwał tak dalece, iż na obu półkulach świata, z krajów podległych hiszpańskiemu berłu nie było jednego, w którym by nie ustanowił albo przynajmniej nie usiłował ustanowić świętego oficjum ze wszystkimi jego barbarzyńskimi kodeksami. Mimo to Filip II i generalny inkwizytor Valdes uznali, że Karol V nie dosyć jeszcze uczynił dla inkwizycji, i przygotowywali się do uzupełnienia jego dzieła.