W czternastym wieku, niezmiernie rozgałęziony handel, którym się trudnili hiszpańscy żydzi, oddał w ich ręce nie tylko większą część bogactw półwyspu, lecz zarazem kredyt i wynikające stąd korzyści. Chrześcijanie nie mogący współzawodniczyć z nimi pod względem przemysłu, prawie wszyscy zostali ich wierzycielami, a zazdrość wkrótce przerodziła się w nieprzyjaźń dla swoich kredytorów. Tak nieustanny stan nieporozumień, wywołał mnóstwo ludowych rozruchów, podczas których wymordowano kilka tysięcy żydów. Wielu innych uniknęło śmierci przez przyjęcie chrześcijańskiej wiary, a kościoły napełniły się żydami wszelkiej płci i stanu żądającymi chrztu. Wkrótce przeszło sto tysięcy rodzin, to jest blisko milion indywiduów, odrzekło się albo udało że się odrzeka prawa Mojżeszowego, i przeszło na wiarę chrześcijańską. Przejścia te znacznie się jeszcze zwiększyły w pierwszych latach piętnastego stulecia; lecz że na nawrócenie się tych nowych chrześcijan, zwanych Marrani, wpływała raczej obawa śmierci, aniżeli rzetelne przekonanie, wielu więc żałowało, że odstąpili od dawnej 'religii i potajemnie powróciło do judaizmu. Niemniej, gdy obowiązani byli żyć pod bardzo dolegliwym przymusem, koniecznie zdradzić się musieli, wnet też odkryto ich apostazję.
Mniemana potrzeba ukarania tej zbrodni w sposób przykładny, posłużyła papieżowi Syxtusowi IX i Ferdynandowi V za powód do ustanowienia w Hiszpanii nowoczesnej inkwizycji. Ta zasada, na pozór religijna, nastręczyła chciwemu Ferdynandowi sposobność do skonfiskowania i zabrania ogromnych majątków, które marranowie nabyli w Hiszpanii, a papież zatwierdził zaprowadzenie trybunału, wzmagającego kredyt ultramontańskich maksym. Jedynie tylko Izabella, małżonka Ferdynanda, stawiała opór ustanowieniu trybunału inkwizycyjnego w jej królestwie Kastylii. Ta królowa nie mogła pochwalić środka, tyle wstrętnego, dla słodyczy jej charakteru; lecz spowiednik jej Tomasz de Torguemada, przeor klasztoru dominikanów w Sewilli, znał się już na sztuce usuwania skrupułów; przekonał ją, że ten środek był obowiązkiem jaki na nią wkładała religia, w okolicznościach, w jakich się znajdowała Kastylia, i tym sposobem wyzyskał zgodę królowej. W tejże chwili nuncjusz papieski wyznaczył swoich pierwszych inkwizytorów, do zaprowadzenia inkwizycji w Sewilli, i zarazem wydano rozkaz wszystkim gubernatorom prowincji, aby im i osobom orszak ich stanowiącym, dostarczyli wszelkich bagażów i zapasów, których potrzebować mogą w ciągu podróży. Ludność królestwa Kastylii z taką niechęcią patrzała się na zagnieżdżanie inkwizycji w pośród niej, że inkwizytorowie przybywszy do Sewilli, nie mogli zgromadzić liczby osób i pomocy potrzebnej do rozpoczęcia swoich urzędowań. Ferdynand i Izabella kilkakrotnie ponawiać musieli swoje rozkazy do gubernatorów i mieszkańców, lecz zdołali wymóc tylko bardzo niezupełne posłuszeństwo.
Skoro zainstalowano inkwizytorów, zaraz wszyscy nowi chrześcijanie zaczęli emigrować do ziem księcia di Medina-Sidonia, markiza Kadyksu, hrabiego d’Arcos i kilku innych panów. Nowi inkwizytorowie, na czele których tylko co stanął Tomasz Torąuemada, jako pierwszy inkwizytor generalny, dowiedziawszy się o tak licznym wychodztwie, zadrżeli widząc swoje ofiary wymykające się spod władzy świętego oficjum, i proklamacją z dnia 2 stycznia 1484 r. stanowiąca pierwszy akt ich jurysdykcji, ogłosili wszystkich wychodźców za przekonanych o herezję, już przez sam fakt ich wychodztwa; zarazem rozkazali margrabiemu Kadyksu. księciu d’Arcos, i innym panom Kastylijskiego królestwa, aby obywateli zbiegów pod strażą odsyłali do Sewilli, oraz aby zasekwestrowali ich majątki, pod karą klątwy, konfiskaty ich własnych posiadłości, tudzież utraty urzędów i godności. Wkrótce liczba więźniów tak się wzmogła, że klasztor, w którym ich spakowano, okazał się za szczupłym do objęcia ich wszystkich. Tymczasem inkwizytorowie nie poprzestając na wydaniu im tylu nieszczęśliwych, ogłosili edykt, zwany edyktem łaskie wzywający niearesztowanych apostatów, aby dobrowolnie poddali się świętemu oficjum, przyrzekano im udzielenie rozgrzeszenia po lekkiej pokucie i nie konfiskowanie majątków.
Ten rodzaj amnestii uwiódł wielu marranosów, którzy się stawili; ale inkwizytorowie kazali ich uwięzić i udzielili im rozgrzeszenia dopiero wówczas, gdy zmusili ich do wskazania nazwisk i miejsc zamieszkania wszystkich osób, czy to znajomych im z osoby, czy tylko ze słuchu, o których wiedzieli, że wpadły w apostazję, a tak edykt laski, zamienił się w edykt delatorstwa. Wkrótce ogłoszono w całym królestwie- Kastylii inny edykt generalnego inkwizytora. Mniej zwodniczy, mniej obłudny niż pierwszy, oznaczał on rozmaite wypadki, zalecające denuncjację, pod karą śmiertelnego grzechu i większej klątwy. Znajdowało się tam do dwudziestu artykułów, obejmujących mniemane dowody judaizmu, tak dwuznaczne lub niedorzeczne, iż ze wszystkich tych razem zebranych wskazówek, zaledwie można by ustanowić proste uprzedzenie, gdyby inkwizytorowie nie znaleźli sposobu przedstawienia swoich śmiesznych przesad jako niezaprzeczonych prawd.
Środki tak właściwe do pomnożenia ofiar, koniecznie przyniosły najstraszliwsze rezultaty: to też święte oficjum rozpoczęło wkrótce swoje okropne egzekucje. Na czwarty dzień po instalowaniu go w Sewilli, spalono już sześciu skazanych; a w kilka dni później siedemnastu innych uległo temu samemu losowi; a w mniej jak w pół roku dwustu dziewięćdziesięciu nowych chrześcijan poniosło śmierć w ogniu, siedemdziesięciu dziewięciu skazano na wieczne więzienie, a wszystko to w jednym mieście Sewilli- Jednocześnie przeszło dwa tysiące marranów wrzucono w płomienie w innych częściach prowincji”, większą jeszcze ilość spalono w wyobrażeniach, a tysiąc siedemset poniosło kanoniczne kary. Pomiędzy straconymi na stosach, zauważyć należy wiele bardzo bogatych osób, których majątki na skarb zabrano.
„Wielka ilość skazanych na śmierć przez spalenie sprawiła, że prefekt Sewilli ujrzał się w konieczności wymurowania trwałego kamiennego rusztowania za miastem, na którem wzniesiono cztery wielkie posągi gipsowe; były one wewnątrz wydrążone, a w tych wydrążeniach umieszczano żywcem nowych chrześcijan recydywistów, aby tam ginęli powolnie gorejąc okropnie. Rusztowanie to zwane quemadero, niegdyś jeszcze istniało. Czegóż można było się spodziewać po trybunale, który na samym początku już tak występował?
Z obawy podobnej kary, wielkie mnóstwo nowych chrześcijan wyemigrowało do Francji, do Portugalii a nawet do Afryki. Wielu skazanych zaocznie udało się do Rzymu, błagając papieża o sprawiedliwość, ale ojciec święty poprzestał na pogrożeniu inkwizytorom destytucją, a pogróżki te nie przyniosły bynajmniej korzystnego rezultatu dla osób niesprawiedliwie skazanych.
W tejże epoce, królowa Izabella, którą sumienie dręczyło co do artykułów o konfiskacie, prosiła papieża o nadanie trybunałowi formy stałej, ogół zaspokajającej; żądała także, aby wyroki wydawane w Hiszpanii, były stanowcze i nie potrzebowały apelacji do Rzymu. Sykstus IV pochwalił gorliwość królowej dla inkwizycji, uspokoił jej skrupuły i wyznaczył dla Hiszpanii sędziego apostolskiego, obowiązanego wyrzekać o wszelkich odwoływaniach się od wyroków inkwizytorskich. D. Inigo Maurique, arcybiskup Sewilli, miał sobie poruczony ten urząd.
Ustanowienie takiego sędziego apelacyjnego i jego rezydencja w Hiszpanii, miały przynieść wielki pożytek, ponieważ powstrzymywały mieszkańców od wywożenia pieniędzy za granicę królestwa; lecz dwór rzymski uczynił to bezpożytecznym, przez ciągłe przyjmowanie apelacji wielu Hiszpanów, bojących się ukazać w Sewilli. To nieporozumienie władz było szkodliwe pod każdym względem dla nieszczęśliwych, użalających się w Rzymie na niesprawiedliwość inkwizycji; gdyż oddawszy pieniądze papieżowi i otrzymawszy odpuszczenie grzechów, za powrotem do Hiszpanii, byli pomimo to potępieni i karani, chociaż mieli świadectwa nawrócenia i przebaczenia. A tak, pomimo bulli papieskiej, ganiącej niesprawiedliwość i surowość inkwizycji, oraz nakazującej łaskawe obchodzenie się z dobrowolnie nawracającymi się, Ferdynand, jako wielce sprzyjający konfiskatom, tudzież inkwizytorowie, którym mocno chodziło o to, aby ich sposób postępowania nie wydawał się krzywym, trzymali się ciągle systemu tyle sprzyjającego ich widokom. Papież sam mógł był zapobiec temu złu, ale aby się przypodobać Ferdynandowi, myślał jedynie o nadaniu stałej imponującej formy inkwizycji w Hiszpanii.