W procesie inkwizycyjnym obowiązywała legalna teoria dowodów. Sędziowie byli zobowiązani do wydania wyroku zgodnego z materiałem dowodowym. Przy podejmowaniu decyzji posługiwali się sylogizmem prawniczym, dokonując subsumcji stanu faktycznego do stanu prawnego i na tej podstawie rozstrzygali sprawę.
W tego rodzaju postępowaniu królową dowodów było przyznanie się oskarżonego. Konfesata traktowana była jako oczywisty i bezkrytycznie przyjmowany dowód winy. Przyznanie się wymuszone torturami musiało jednak zostać potwierdzone, gdy ból już minął. Innym istotnym dowodem były zeznania dwóch świadków. W nowożytnej praktyce prawnej uważano, że zeznania takie wystarczają do przeprowadzenia przesłuchania „w sposób bolesny”. Gdy oskarżony nie przyznał się w czasie tortur, zasądzano karę ekstraordynaryjną, czyli łagodniejszą. Na podstawie samych zeznań świadków nie można było skazać na stos, choć od tej zasady bywały odstępstwa.
Za przestępstwo czarów karano spaleniem na stosie. Zwierciadło saskie przewidywało wykonanie tej kary w każdym przypadku czarów. Carolina natomiast rozróżniała – spalenie nakazywała, gdy czary wyrządziły szkody, a w innych przypadkach przewidywała odmienne sankcje w zależności od okoliczności. Bartłomiej Groicki w Porządku sądów i prawa miejskiego magdeburskiego w Koronie Polskiej powtarzał rozwiązania Zwierciadła, a w przeróbce Caroliny z 1559 roku odwoływał się do procedur Constitutio Criminalis. Zbrodnia czarów była także regulowana w prawie chełmińskim, które nakazywało ścinać osoby zatajujące przestępstwo czarów lub wspierające czarowników.
W polskich procesach o czary często stosowano okoliczności łagodzące. Jeśli oskarżona przyznała się do winy, wyrażała skruchę i prosiła o pokutę, karę hańbiącą zamieniano na niehańbiącą, np. poprzez ścięcie mieczem przed spaleniem. Gdy czary dotyczyły osób związanych z oskarżonym więzami pokrewieństwa, poddaństwa lub spowodowały poważne szkody, stosowano kwalifikowaną karę śmierci. Podobne zasady obowiązywały wobec recydywistek w miastach.
Istniała także instytucja zamiany kary. W przypadku nieletnich dziewcząt, które przyznały się do winy, sąd brał pod uwagę ich wiek i zamiast stosu wymierzał chłostę lub wygnanie. Często nakazywano także przysięgę o zaniechaniu czarów i odwetu na sędziach.
Surowsze wyroki zapadały, gdy oskarżony przyznawał się także do innych zbrodni, takich jak świętokradztwo, profanowanie hostii czy dzieciobójstwo. W przypadku zbiegu przestępstw stosowano kumulację kar, np. poprzez uprzednie upalenie rąk lub powolne spalanie.
Na ziemiach polskich wobec „wspólniczek szatana” stosowano również tzw. kary uniwersalne, które mogły być nakładane nawet bez wyraźnego zapisu w przepisach. Obejmowały one chłostę pod pręgierzem lub wydalenie z miasta. Jak wskazuje Bohdan Baranowski, takie sankcje były w XVI i na początku XVII wieku w miastach dość powszechne.
Na wsiach sprawy o czary rozstrzygały sądy miejskie lub wiejskie. Oskarżonych i świadków doprowadzano do sądu miejskiego lub powoływano sąd na prowincji. Wyroki sądów miejskich musiały być zatwierdzone przez właściciela wsi, który często – nawet w przypadku orzeczenia kary śmierci – łagodził wyrok. Świadczy o tym fakt stosowania łagodniejszych sankcji nawet wobec recydywistów. Na wsiach wyroki najczęściej kończyły się wygnaniem, a większość spraw opierała się na nieudowodnionych podejrzeniach lub pomówieniach. W razie uniewinnienia sąd przywracał oskarżonemu „poczciwość i cześć”. Według Łaszewskiego powodem łagodniejszego orzekania na wsiach był nie tyle brak środków, jak sugerował Baranowski, lecz naciski ze strony rodzin i lokalnej społeczności, a także względy ekonomiczne – brak rąk do pracy.
Przestępstwa związane z „zażegnaniami, gusłami i zabobonami” lub korzystaniem z wróżbitów traktowano łagodniej niż czary. W Małopolsce i Prusach Królewskich były one karane plagami lub grzywnami. Praktyki te odpowiadały pierwszej fazie zbrodni czarów – tzw. przedsatanistycznej magii. Fakt, że ścigały je sądy świeckie, świadczy o całkowitym przejęciu przez nie spraw o czary.
Sędzia w procesie mógł wydać kilka rodzajów wyroków: uniewinnienie – w przypadku braku dowodów; skazanie – przy pełnym dowodzie (przyznanie się lub zgodne zeznania dwóch świadków); absolutio ab instantia – gdy materiał dowodowy był niepełny (np. trzy czwarte pełnego dowodu), co skutkowało uwolnieniem oskarżonego przy pozostawieniu go w podejrzeniu; lub wyrok z karą niższą – gdy dowody ograniczały się do samych podejrzeń.
Palenie czarownic na stosie miało swoje głębokie uzasadnienie symboliczne. Kara ta była analogiczna do tej, którą stosowano wobec heretyków, znajdując poparcie w przypowieści biblijnej o uschniętej latorośli, przeznaczonej na spalenie. Brian P. Levack wskazuje, że zwyczaj palenia czarownic mógł mieć związki z dawnymi rytuałami oczyszczającymi oraz pełnił funkcję zastępczego sądu bożego, zakazanego przez Kościół. Płomienie miały także uniemożliwić czarownicom wpływanie na świat żywych po śmierci.
Palenie było także symbolicznym antycypowaniem potępienia duszy – płomienie stosu miały obrazować ognie piekielne, a krzyki skazańca przypominały wycie potępionych dusz. Znajdowała się w tym również idea pokuty i skrócenia kary piekielnej.
Stosy w miastach budowano w tradycyjnych miejscach kaźni, natomiast na wsiach – poza zabudowaniami. Marian Wawrzeniecki opisał, że w celu przygotowania stosu najpierw kopano dół, wbijano pień drzewa i układano wokół niego drewno i chrust, co w czasie spalania powodowało stopniowe zapadanie się konstrukcji. Miało to symbolizować wciąganie ciała przez szatana do piekła. Oskar Kolberg opisał natomiast sposób przykuwania skazańca do słupa i obkładania go słomą i drewnem.
W rejonach, gdzie procesy były częste, dążono do obniżenia kosztów budowy stosów. W Nysie na Dolnym Śląsku wybudowano piec krematoryjny, który umożliwiał szybsze, tańsze i pewniejsze wykonywanie wyroków. W 1651 roku spalono tam aż 42 kobiety. W Polsce nie istniała więc jedna, jednolita metoda wykonywania kary stosu.