Filip III, syn Filipa II z czwartej żony, nastąpił po ojcu w końcu r. 1598. Wychowanie uczyniło go daleko zdolniejszym do życia w habicie Świętego Dominika, niż do rządzenia wielkim narodem. Inkwizycja była wówczas równie potężna jak przed ustawami Valdesa z roku 1561.
Nowy monarcha pragnąc posiadać generalnego inkwizytora według swojego wyboru, korzystał z bulli papieża Klemensa VIII, obowiązującej wszystkich biskupów do rezydowania we właściwych diecezjach, i tym sposobem skłonił generalnego inkwizytora Porto-Carrerę, iż wrócił także do swojego biskupstwa w Cuency; a jego następcą mianował don Ferdynanda Niguo de Guerara, kardynała a następnie arcybiskupa Sewilli.
Zarząd tego czternastego inkwizytora generalnego trwał krótko, i nie przedstawia nic ciekawego oprócz niejakich kaznodziejskich nieporozumień między jezuitami z Alcali i częścią hiszpańskiego kleru: chodziło o przekonanie się, czy jest rzeczą wiary lub nie, że Klemens VIII jest prawdziwym wikariuszem Jezusa Chrystusa.
Inkwizytorowie także wdali się w tę dysputę: umysły rozgrzały się i byłby pewnie wynikł z tego jakiś skandal, ale papież napisał do generalnego inkwizytora, aby zabronił podobnych rozpraw. Ta sprawa skłoniła papieża i króla do złożenia kardynała Nigui z urzędu generalnego inkwizytora, którego wysłali do zarządzania swoją diecezją na początku r. 1602. Umarł on w roku 1609 po trzech-letnim pobycie na czele hiszpańskiej inkwizycji, w ciągu którego święte oficjum spaliło 240 osób żywych, a 66 w wyobrażeniach, 1,728 nieszczęśliwych skazano na różne kary i konfiskatę majątku, razem 2,064 osoby, co dowodzi, że auto-da-fe były równie częste jak za Filipa II. Piętnastym inkwizytorem generalnym, który nastąpił po kardynale Nigui, był don Juan de Zuniga, generalny komisarz apostolski od świętej krucjaty i biskup Kartageny. Umarł on po kilku miesiącach urzędowania, lecz miał czas spalić żywcem 80 heretyków i rzucić w płomienie kości 32 nieszczęśliwych, prawie wszystkich zmarłych w więzieniach świętego oficjum. Prócz tego było 176 osób skazanych na więzienie lub galery, wespół z konfiskatą majątków, razem 688 ofiar.
Don Juan Babtysta (Taccebedo, arcybiskup inyartibus infidelinm, gubernator rady kastylijskiej, patriarcha Indii i komisarz generalny apostolski od świętej krucjaty, nastąpił po Zunidze.
Papież zatwierdził tego szesnastego inkwizytora generalnego na nowym urzędzie w początku r. 1603; sprawował go Accebedo do lipca 1607 czyli do daty śmierci. Zarząd jego tym sposobem trwał lat pięć, w ciągu których szesnaście hiszpańskich inkwizycji straciło w płomieniach 400 osób, 116 spaliło w wyobrażeniach, a 2,880 skazało na rozmaite kary. W ogóle 3,440 ofiar.
Siedmnasty inkwizytor generalny don Bernard de Sandon al y Roxas, kardynał arcybiskup toledański i radca stanu, otrzymał konfirmacyjną bullę 12 września 1608 r. W owej epoce Filip III zwołał był kortezy królestwa do Madrytu, gdzie były zgromadzone przeszło przez rok.
Ponieważ inkwizytorowie coraz bardziej rozzuchwalali się. i nie przestawali przejmować trwogą, zapełniając więzienia ofiarami i dobrowolnie obrzucając infamią, deputowani przedstawili królowi: „Że w latach 1579 i 1586 upraszali o reformę nadużyć popełnionych przez trybunał inkwizycyjny, aby zapobiec znacznym i ciągłym krzywdom, jakie poddanym jego wyrządza prawo, które sobie ł przywłaszczają niektórzy inkwizytorowie, znajomości pewnych zbrodni, nie podchodzących pod rubrykę herezji; że Filip II jego ojciec przyrzekł był zaradzić złemu, na które się użalano; lecz że go śmierć zaskoczyła i obietnica jego nie przyszła do skutku. Z tego powodu ponownie zanoszą o to prośbę do jego królewskiej mości, zważywszy że nieład powiększył się, i że czas już, aby nie aresztowano i nie osadzano nikogo w inkwizycyjnych więzieniach, prócz tylko obwinionych o herezję, bo większa liczba Hiszpanów, nie mogąc rozróżnić powodów aresztowania, uważa wszystkich więźniów za heretyków, a to uprzedzenie naraża tych, których nieszczęście wtrąciło na pewien czas do więzienia świętego oficjum, na niemożność zawierania małżeństw, albowiem uważani są za pohańbionych na równi z innymi; że środkiem zapobieżenia temu zamieszaniu, jakie się wkradło w prawa, byłoby postanowienie, aby obwinieni o występki inne jak herezja, byli trzymani w zwykłych więzieniach, dla „oczekiwania tam na wyrok.”
Filip III odpowiedział kortezom, iż przedsięweźmie jak najstosowniejsze środki zaradzenia ich zażaleniom ; lecz obietnicy tej nie dotrzymał wcale w sposób zadawalający, a święte oficjum znowu bezkarnie dopuszczało się nadużyć.
Następnego roku don Juan de Ribera, arcybiskup Walencji, któremu później papież przyznał honory beatyfikacji, przedstawił Filipowi III, iż nie podobna było dokonać prawdziwego nawrócenia Maurów w królestwie Walencji, z powodu uporne-go trwania ich w swoich błędach; że biegłość w rzemiosłach i użyteczność w pracach rolniczych stanowią sprawiedliwy powód obawy, aby z czasem nie zakłócili spokojności królestwa przez pomoc Maurów algierskich i innych ludów Afryki, z które-mi zostawali w dobrom porozumieniu i ciągłych stosunkach; zatem arcybiskup ten projektował królowi, aby ich całkowicie wygnał z kraju, dla zachowania w nim czystości wiary i pokoju.
Filip wziął ten projekt pod rozwagę: zwołał zaraz zgromadzenie radców stanu, których prezesem był inkwizytor generalny Sandoval, i poruczył mu ten interes. Szlachta hiszpańska, licząc wielu Maurów pomiędzy swoimi wasalami, przedstawiała królowi i radzie stanu ogromne szkody, jakie by im wyrządziło zastosowanie tego środka, pozbawiając ich poddanych, stanowiących siłę i bogactwo ich posiadłości, jako ludzi najużyteczniejszych; tudzież że ta emigracja, w razie jej nastąpienia, prawie nie pozostawi mieszkańców i rolników na ich ziemiach. Szlachta utrzymywała nadto, iż przedstawienie arcybiskupa było wygórowane pod względem religii, ponieważ święte oficjum nie zaniedbało nigdy karać Maurów, którzy popadli w herezję, wykrywszy ich poprzednio za pomocą swoich więźniów i szpiegów, ciągle zajętych chwytaniem winnych.
Ze swojej strony inkwizytorowie tak dobrze intrygowali u dworu i w radzie stanu, iż ciało to dało wniosek za zupełnym wypędzeniem Maurów. Do środka tego najwięcej przyczynił się inkwizytor generalny, sam głosowa! pierwszy, a kazał notować jako podejrzanych w wierze wszystkich oponentów, między innymi i księcia Ossuny, którego wziął pod sąd. Filip zatwierdził i kazał wykonać to wygnanie równie niesprawiedliwe jak niepolityczne. Zmuszono Maurów prowincji Walencji do wyjścia z ojczyzny przed końcem września 1609 r. a z innych prowincji przed 10 stycznia 1610 r. Przez tę emigrację, do której najwięcej przyczyniła się inkwizycja, Hiszpania i Europa straciła znowu przeszło milion pracowitych i użytecznych mieszkańców, którzy wszyscy przeszli do Afryki, bo chociaż prosili o przyjęcie ich do Francji, dla zaludnienia tamtejszych Landów, Henryk IV położył im za warunek przyjęcie katolickiej religii, czego przyrzec nie śmieli, w obawie aby z czasem nie byli tak samo prześladowani jak w swojej ojczyźnie. A tak Landy, które by ta kolonia była użyźniła, do dnia dzisiejszego są niepłodną pustynią.
Kilkakrotnie wspominaliśmy, że każdy trybunał inkwizycyjny corocznie wyprawiał przynajmniej jedno auto-da-fe, złożone mniej więcej ze znacznej liczby ofiar. Moglibyśmy zatem nie powtarzać tego, lecz auto-da-fe wyprawione w Logronie w 1610 r. zasługuje na osobliwą wzmiankę, z powodu natury mniemanych zbrodni większej części figurujących na nim osób.
Już w innych epokach 1507 i 1527 r. inkwizycja potępiła bardzo wielu czarowników, których sprawy przedstawiają tyle zadziwiających niedorzeczności i bezeceństw czytelnikowi dziewiętnastego stulecia, iż trudno byłoby wierzyć tym potępieniom, gdyby sama Francja nie przedstawiała nam w owym czasie prawie podobnego widowiska, i gdyby nie istniały jeszcze rozmaite dzieła na serio traktujące o czarnoksięstwie.
Czarownicy spaleni lub skazani w Logronie w roku 1610 należeli do tej samej sekty, co czarownicy z XVI wieku, i zamieszkiwali dolinę Bastan w Nawarze. Prawie wszystkich mieszkańców miast Vera i Zugarremurdi implifikowano do sprawy, której szczegóły znajdziemy w szóstej części niniejszego dzieła. Spalono jedenastu tych czarowników, a dziewiętnastu skazano na inne kary. Wszyscy razem występowali na jednym i tern samem aulu-da-fe.
Interes ten wniesiony na radę inkwizycyjną uległ długim rozprawom. Wkrótce potem wydano inkwizytorom instrukcje, z zaleceniem jak największej przezorności w badaniu świadków, oraz w zeznaniach i deklaracjach oskarżonych. Prawidła te przyniosły pożytek, bo uśmierzyły zapał w denuncjowaniu i ściganiu czarowników, i zmniejszyły upodobanie w czarnoksięstwie. Od tej też epoki nie obchodzono żadnego auto-da-fe w podobnym rodzaju. Światło powoli wzrosło, a następnie zmniejszyła się liczba czarowników i biedaków, którzy w cuda ich wierzyli. Przekonano się na koniec, że jeżeli mniemana sztuka, zwana czarnoksięstwem, przedstawiała jakieś pewne zjawiska, to były one czysto naturalne, inne zaś jej skutki były imaginacyjne, lub oparte na oszustwie. Dzisiaj czarodzieje znikli zupełnie; lecz znajdujemy jeszcze wielu dających się oszukiwać i wizjonerów. W rok po egzekucji czarowników, kortezy królestwa znowu się zgromadziły i ponowiły swoje prośby do króla, o powstrzymanie nieustannych nadużyć świętego oficjum; ale te nowe usiłowania nie powiodły się równie jak poprzedzające, a inkwizycja spokojnie prowadziła dalej dzieło swojego przerażającego systemu.”
Inkwizytor generalny Sandoval, któremu Hiszpania winna była kilka rozsądnych rozporządzeń o czarownikach, umarł 1618 roku. Urząd swój sprawował przez lat dziesięć, w przeciągu których spalono żywcem 880 heretyków, czarowników i t. p., 352 zaś w wyobrażeniach, a 6,336 skazano na rozmaite kary.
Następcą Sandoala był Don Franciszek Ludwik de Aliaga, dominikanin i spowiednik Filipa III. Ten osiemnasty inkwizytor generalny cieszył się niezmierną łaską króla, która równie trwała krótko jak wszystkie łaski dworskie. Filip umarł w r. 1621, a Aliaga nie tylko postradał swój urząd, ale i swobodę. Zarząd jego trwa! około lat trzech, w ciągu których święte oficjum potępiło 2,064 indywiduów, 240 spalono żywcem, a 96 w wyobrażeniach; 1,720 wrzucono do więzień lub zesłano na galery i skonfiskowano im majątki.
Filip III umarł na początku roku 1621 po dwudziestu trzech latach panowania, w ciągu których protegował zawsze święte oficjum przeciwko atakom ze strony kortezów swojego ludu.
Czytaliśmy w różnych historiach inkwizycji, a mianowicie wydrukowanej w Kolonii roku 1769, bajkę o pokucie, którą inkwizytorowie oznaczyli filipowi III. ponieważ na jednym auln-da-fe okazał litość dla skazanego. Fakt ten jak również wiele innych anekdot ogłaszanych przez romanso-pisarzy dla zabawienia czytelnika, są wszystkie bezzasadne. Filip nie okazał litości na żadnym auto-da fe\ a tern samom święte oficjum nie skazywało go na upuszczenie krwi, dla wylania jej potem na ogień; atoli fałszywość tej okoliczności nie dowodzi, iż inkwizycja nie byłaby zdolną wyrzec podobnego wyroku, ponieważ nieraz już skazywała na chłostę i dziesięcioletnie galery ceklarzy, którzy okazywali jakiś odcień ludzkości dla jej więźniów. Wypadek byłby jednakowy, a ponieważ inkwizycja nie szanowała nikogo, więc gdyby Filip III mógł był rozczulić się losem mordowanych osób, święte oficjum zapewne byłoby go ukarało, jak ukarało wielu innych monarchów.
Za panowania Filipa III i pięciu generalnych inkwizytorów kolejno stojących na czele inkwizycji, szesnaście trybunałów świętego oficjum, urządzonych tylko w Hiszpanii, skazało 13,280 osób, z których 1,840 spalono osobiście, a 692 w wyobrażeniach. Hiszpania przez ostatnie wygnanie Maurów, straciła przeszło 1,000,000 mieszkańców.