Nowi chrześcijanie izraelskiego pochodzenia pochlebiali sobie na początku inkwizytorskich rządów D. Alfonsa Mauriquego, że wkrótce forma procedury świętego oficjum ulegnie zbawiennym zmianom. Nadzieje swoje pokładali w tymże Mauriquiem który popierał prośbę ich zaniesioną do Karola V, kiedy monarcha ten i Maurique byli jeszcze we Flandrii; lecz ten piąty inkwizytor generalny nie różnił się niczym od swoich poprzedników. Inni inkwizytorowie przekonali go, że żądana reforma dąży do zniesienia świętego oficjum i do tryumfu nieprzyjaciół wiary, którzy niezawodnie wyznawać będą zgubne maksymy, skoro ujrzą, że już ich od tego nie powstrzymuje system tajemnych denuncjacji. W tejże epoce opinie Marcina Lutra zaczęły rozpościerać się w południowej Europie, a papież w powadze swojej przez tego żyjącego mnicha mocno zachwiany, niezmiernie niepokoił się skutkami nauki zalewającej Niemcy. Już Leon X potępił był rozmaite propozycje Lutra, jako heretyckie, a Adrian zalecił użycie jak najsurowszych środków w celu przeszkodzenia propagowaniu luteranizmu.
Wszystkie te przyczyny tudzież pojawienie się w Hiszpanii nowej sekty maury tanów, przekonały generalnego inkwizytora, że istniejąca dotąd srogość stała się jeszcze potrzebniejszą. Maurique zatem, zamiast nałożyć na inkwizycję wędzidła, ujrzał się zmuszonym podciągnąć pod ten trybunał mauresków i luteranów, i przypomnieć wszystkim chrześcijanom obowiązek denuncjowania, w przeciągu sześciu dni, wszystkiego co widzieli lub słyszeli przeciwnego wierze, pod karą ekskomuniki i śmiertelnego grzechu.
Mimo to Maurique zlitował się nad maureskami, zostającymi w opłakanym położeniu, przyjął wszystkie ich reklamacje, i o ile mógł sprzeciwiał się prześladowaniu ich przez inkwizytorów. Więcej jeszcze uczynił: zgodnie ze zdaniem Rady Najwyższej, kazał przywrócić moc edyktom Ferdynanda i Izabelli, zabraniającym inkwizytorom stawiania mauresków przed sąd za błahe przyczyny; a że wielu już było dostawionych trybunałom, zalecił szybkie ukończenie wszystkich spraw w sposób dla obwinionych jak najkorzystniejszy.
Na nieszczęście dla mauresków, w tej epoce wybuchła wojna domowa w królewskiej Walencji i Kastylii. Ponieważ maureskowie brali w niej czynny udział, rozgniewany cesarz kazał kilku ukarać i postanowił zastosować edykt wygnania z 1502 r. do Maurów Walencji i Aragonu, którzy na skutek reklamacji czynionych w swoim czasie przez kortezy i panów tych dwóch królestw, nie ulegli skutkom tego postanowienia. Następnie Karol V żądał u papieża dyspensy od przysięgi, którą wykonał przed kortezami Saragossy. Adrian odpowiedział z razu, że takie ustępstwo byłoby skandalem, lecz gdy cesarz nalegał, zostało mu udzielone. Natychmiast rozkaz królewski z 1525 r. zalecił wszystkim Maurom Kastylii, Walencji i Arragonu, aby ochrzcili się w krótkim przeciągu czasu, albo wyjadą z Hiszpanii drogami, które im będą pokazane. Owocześni historycy zapewnia wtedy jako jeniec bawiący w Maire oświadczył Karolowi V, że w Hiszpanii społeczność wtedy da się przywrócić, gdy nie pozostanie w niej jednego Maura i maureska. Jeżeli okoliczność tajnie jest zmyśloną, wypada podzielać chytrość króla Francji, który pochlebiając skłonności nieprzyjaciela, dawał mu złą radę i zalecał przyjąć system szkodliwy dla interesów królestwa Hiszpanii.
Zaledwie ogłoszono wspomniany edykt, zaraz Maurowie uciekli w góry i uporczywie stawili czoło wojskom, które Karol V musiał wyprawić przeciwko nim, uśmierzyć ich zaś zdołał dopiero po udzieleniu im części żądanych ustępstw. Główne z nich były: niepoddawanie inkwizycji za błahe przyczyny, zachowanie używania ich języka, odzieży i broni, i płacenie takich samych jak chrześcijanie podatków. Pod tymi warunkami kazali się ochrzcić prawie wszyscy.
Ze swojej strony generalny inkwizytor Maurique rozgrzeszył ich ze wszystkiego czego się przed tern dopuścili, uprzedzając wszakże, że jeżeliby wpadli w herezję lub apostazję, zostosowane będą do nich z całą surowością prawa inkwizycji.
Łatwo pojąć, że ludzie wychowani w religii ojców swoich, przywiązani do praktyk mahometańskich, niecierpiący chrystianizmu, do którego przyjęcia zmuszono ich, bez żadnego skrupułu wracali do zasad Mahometa, ilekroć sądzili, że czynić to mogą bez niebezpieczeństwa.
To też prawie wszyscy Maurowie, nawróceni groźbą i mieczem, tajemnie wracali do pierwotnej swojej wiary, i wkrótce dostawali się w moc świętego oficjum, którego szpiedzy zanieczyszczali wszystkie miasta zamieszkane przez nowych chrześcijan. A tak pomimo więcej zgodnego z ludzkością systemu, który generalny inkwizytor Maurique przyjął w postępowaniu z maureskami, wielu z pomiędzy nich zaprowadzono na stosy lub do więzienia, inni emigrowali do Afryki, ilekroć mogli oszukać czujność, której byli przedmiotem tak ze strony cesarza, jak ze strony inkwizycji. Karol i następca jego Filip II ułaskawili na koniec mauresków, skazanych przez święte oficjum, od zajęcia ich majątków, aby tym sposobem powstrzymać emigrację, zadającą dotkliwy cios hiszpańskiej ludności; lecz inkwizytorowie zawsze panowie swoich działań, za pomocą jakiejś nieprzeniknionej tajemnicy, udaremnili te dobroczynne rozporządzenia monarchów; tak, iż maureskowie, zrozpaczeni wobec inkwizycji, sprzykrzyli sobie narzucone na nich jarzmo i całą masą powstali, co było przyczyną całkowitego wygnania tego ludu w 1609 r., wygnania, przez które Hiszpania straciła znowu blisko miliona mieszkańców, prawie wszystkich rolników, pasterzy lub zręcznych rzemieślników. Te wychodztwa stanowią przyczynę upadku rolnictwa i rękodzieł w tern królestwie.
Ale nie tylko Maurowie i maureskowie zajmowali Mauriquego podczas sprawowania urzędu generalnego inkwizytora. Opinie Muncera i Kalwina, rozkrzewiały się wówczas w całej Europie, i pomimo wszelkich ostrożności, jakie inkwizycja przedsiębrała w celu przeszkodzenia wprowadzaniu tych doktryn do Hiszpanii, zdaje się być rzeczą pewną, że wielu Hiszpanów, a między nimi duchownych, znalazło sposób zaopatrzenia się w książki wydawane w Niemczech przez protestantów ze Spiry. Otóż ponieważ obieg książek stanowi najpewniejszy środek propagowania doktryn, inkwizytorowie i Karol V przedsięwzięli jak najskuteczniejsze kroki ku przeszkodzeniu straszliwej ich cyrkulacji.
Od roku 1521 papież zalecił’ już był rządcom hiszpańskiej prowincji, aby pilnie czuwali nad wprowadzaniem dzieł Lutra, i chwytali wszystkie takie księgi, które wykryć zdołają. Nieco później Rada Najwyższa pisała do inkwizytorów, aby przejrzeli wszystkie biblioteki i ściśle w nich szukali dzieł nowych sektarzy, zalecając im jednocześnie, aby do corocznego edyktu o denuncjacjach, dodawali osobny artykuł, obowiązujący katolików do donoszeniach o osobach, które czytały takie książki lub je w swoich domach przechowywały. W roku 1539, Karol V kazał ułożyć listę niebezpiecznych książek, otrzymał od papieża bullę dotyczącą umieszczenia ich na Indeksie i zabronił pod karą śmierci posiadania książek lub pism Lutra. Monarcha ten o tyle był srogi, że pragnął prawo rozciągnąć i do krajów Flandrii. Lecz niemieccy książęta, protestanci, wzięli się do oręża przeciw Karolowi Piątemu; a chęć zrzucenia jego jarzma, tudzież jarzma rzymskich papieżów, sprawiła, w że większej części Niemiec przyjęto naukę Lutra.
Tymczasem inkwizycja hiszpańska jak najpilniej i najsurowiej czuwała nad napływem luteranizmu. Generalny inkwizytor, pragnąc zawczasu powstrzymać postęp tej nauki w Hiszpanii, zgodnie z inkwizycyjną radą, dodał kilka artykułów do dawnych regulaminów.
Na mocy tych nowych przepisów, każdy chrześcijanin katolik, pod karą grzechu śmiertelnego i ekskomuniki większość obowiązany był wyznać, czy nic zna koso, który mówił, utrzymywał lub myślał, że sekta Lutra jest na dobrej drodze, czy nie pochwala którejkolwiek z potępionych propozycji, jak n.p.: że dosyć jest spowiadać się przed Bogiem, bez pośrednictwa księdza, bo ani papież, ani księża nie mają władzy odpuszczania grzechów; że Ciało Jezusa Chrystusa nie może być obecne w poświęcanej hostii; że nie ma czyśćca; że niepotrzebna modlić się za umarłych; że papież nie posiada rzeczywistej mocy udzielania indulgencja i przebaczań; że księża dowolnie żenić się mogą; że zakonnicy, zakonnice i .”klasztory są niepotrzebne; że prócz niedzieli innych świąt być nie powinno; że jedzenie mięsa w piątki i inne postne dni nie jest grzechem i t. d.
Zalecono także było każdemu chrześcijaninowi katolikowi, aby donosił, czy nie wie, czy nie słyszał, iż ktoś wydalił się z królestwa dla przyjęcia za granicą luterskiej wiary.
Niezależnie od tych wszystkich ostrożności Alfons Maurique pisał do prowincjonalnych inkwizytorów, iż dozwala im umieścić w edykcie o denuncjacjach wszystko co uznają za stosowne do wykrycia osób, które przyjęły herezję illuminatów (alam-bradott). Ci ludzie, wskazywani pod nazwą deja-dos (hwietyści), tworzyli sektę, której naczelnikiem był, jak mówią, ów Mincer, który już był ustanowił sektę anabaptystów. Po niejakim czasie rada inkwizycyjna sama dodała kilka artykułów do rozporządzenia generalnego inkwizytora.
W epoce zarządu generalnego inkwizytora Mauriquego, historia wskazuje nam kilka znakomitych ofiar, które się dostały w straszliwe szpony trybunału, za samo podejrzenie o przyjęcie wiary Lutra. Takim był czcigodny Jan Awilski, przezwany Apostołem Andaluzyt, z powodu wzorowego życia i znakomitych czynów miłosierdzia. Ponieważ po prostu opowiadał Ewangelię, nie dotykając w mowach swoich żadnej z kwestii tak haniebnie naówczas miotających teologami szkolnymi, przeto zazdrośni mnisi zmówili się na jego zgubę. Wtrącono Jana Awilskiego do tajemnych więzień świętego oficjum, oskarżywszy go, że ogłosił, propozycje dążące do luteranizmu i doktryny iluminatów. Na szczęście postanowienia tego nie zakomunikowano Radzie Najwyższej, a ta okoliczność depcąca ustawy świętego oficjum, cudownie posłużyła mu, bo go uwolniono w r. 1531.
Ten sam rok zgubniejszy był jeszcze dla dwóch ludzi sławnych w hiszpańskiej literaturze, a mianowicie dla Jana z Vergary i dla jego brata Bernarda z Tabery. Zatrzymani z rozkazu inkwizycji w Toledzie, wyszli z więzień świętego oficjum dopiero gdy się zgodzili na wyrzeczenie się (herezji Lutra, na przyjęcie absolucji cenzur ad cautelam i na wycierpienie różnych innych pokut. Jan z Vergary, znakomity znawca języków hebrajskiego i greckiego, postrzegł błędy w tłumaczeniu Wulgaty, to było dostateczne dla zjednania sobie nienawiści ciemnych mnichów; ich też intrygom on i brat jego wini byli całe swoje nieszczęście.
Ciż sami mnisi potrafili wyjednać aresztowanie Alfonsa Yiruesa, benedyktyna wielce biegłego w językach wschodnich i autora wielu dzieł. Karol V z taką go słuchał przyjemnością, że zabrał go z sobą w podróż do Niemiec, i za powrotem nie chciał słyszeć innego kaznodziei. Podejrzewano Yiruesa o sprzyjanie opiniom Lutra; wtrącono go do tajemnych więzień świętego oficjum w Sewilli. Cesarz uczuł cios, jaki mu zadała inkwizycja, i nie wątpił, że Virues padł ofiarą jakiejś skrytej intrygi, której generalny inkwizytor powinien był nie dopuścić. Wygnał więc Mauriquego, i zalecił mu, aby mieszkał w swojej rezydencji w Sewilli.
Mimo stałości i wytrwałości cesarza, Yirues przez lat cztery znosił wszelkie okropności tajemnego więzienia, i dziwić się należy, że Karol V, dostatecznie przez tę sprawę objaśniony o naturze inkwizycji, nie przestał jej protegować; ale nie znano jego niepokonanej nienawiści dla wyznawców Lutra. W każdym jednak razie inne przeciwności, których doznał około tej epoki, sprawiły, że w r. 1535 odjął świętemu oficjum królewską jurysdykcję, której było pozbawione do roku 1545.
Alfons Maurique, arcybiskup i kardynał, umarł na wygnaniu w Sewilli, 28 września 1538 r., po piętnastoletniemu sprawowaniu obowiązków generalnego inkwizytora; zyskał on sławę przyjaciela i dobroczyńcy ubogich; lecz błądził ciągłym opieraniem się reformie inkwizycji i trybunałom świętego oficjum dozwalał dopuszczać się licznych okrucieństw. Jednak liczba osób skazanych podczas jego urzędu, w porównaniu z liczbą wykazaną rachunkami pierwszych czterech generalnych inkwizytorów, była daleko mniejsza. Przez lat piętnaście hiszpańska inkwizycja spaliła żywcem tylko 2,250 osób żywych, 1,125 w wyobrażeniach, 11,252 zaś obojga płci poniosło rozmaite kary, jako to wieczne lub czasowe uwięzienie, galery, wygnanie lub chłostę.
Maurique miał kilkoro naturalnych dzieci, z których jeden syn z czasem został kolejno inkwizytorem prowincjonalnym, członkiem Rady Najwyższej, prezydentem kanclerstwa w Valladolidzie, a na koniec generalnym inkwizytorem.