Nowy Testament nakazywał w stosunku do innowierców, heretyków czy magów postawę dialogu, a w przypadku jej bezskuteczności ostracyzm. Nawet jeśli dochodziło do konfrontacji umiejętności magicznych z cudami dokonywanymi przez Chrystusa i jego uczniów, z prób tych wychodzili chrześcijanie obronną ręką, dzięki manifestacji mocy boskich, których siła przekonywała nawet opornych pogan i magów, którzy znosili swoje księgi magiczne i palili je na stosach. Było to rozwiązanie diametralnie różne od podejścia starotestamentowego, jakim w przypadku pogan było ukamienowanie za bramami miasta, czy śmierć dla osób parających się magią. Najwyższy wymiar kary w pierwszych wiekach chrześcijaństwa stanowiła ekskomunika, czyli wyłączenie ze wspólnoty.
Przykład postawy, którą realizować przykazuje Chrystus i apostołowie, dał Kościół już w II wieku podczas pojawienia się prądów gnostyckich. Chrześcijanie nie szukali pomocy z zewnątrz, w organizacji państwowej, lecz zwyciężali schizmatyków poprzez umocnienie pozycji biskupów jako nauczających i ulepszeniu wykładni doktrynalnej Pisma Świętego. Wewnętrzne zmiany wystarczyły, aby odeprzeć niebezpieczeństwo schizmy.
Ważnym też wydaje się fakt, iż w czasach gdy władza cesarska była połączona z najwyższą pogańską władzą kościelną, starożytni teologowie chrześcijańscy walczyli o rozdzielenie tego co cesarskie, od tego co boskie. Twórczość autorów takich jak wspomniany wyżej Tertulian czy Orygenes, była nieustanną walką o wolność religijną, a przymuszanie kogokolwiek do zmiany wiary było chrześcijanom obce. Najdobitniej ujął to Laktancjusz mówiąc, że religia jest jedyną sferą na stałe związaną z wolnością. Mówił także, że religii winno się bronić nie zabijając, lecz umierając dla niej. Bronić nie okrucieństwem, lecz cierpieniem. Nie zbrodnią ale wiarą.
Czasy zdrowego dystansu wobec narzędzi władzy państwowej skończyły się z dnia na dzień, gdy w 313 roku Konstantyn Wielki – pierwszy cesarz chrześcijański – ustanowił wolność religijną dla współwyznawców. Prześladowani dotąd chrześcijanie, zostali wezwani do wzięcia odpowiedzialności za losy państwa, które nagle przestało być wrogie.
Rozterki teologów dotyczące tego jak miało wyglądać państwo chrześcijańskie, zostały zażegnane na pewien czas przez cesarza. Doszło wtedy do zamienienia religii dotychczas panującej na chrześcijaństwo i połączenia jej z władzą świecką. Religia miała być instrumentem zachowania pokoju i jedności państwa. Konstantyn stał się wtedy zarówno władcą świeckim (cesarzem), jak i najwyższym zwierzchnikiem duchowym (Pontifex maximus). Koncentracja takiej władzy oraz instrumentalna rola religii, spowodowała szybkie odstępowanie od biblijnej zasady upominania grzeszników i błądzących na rzecz wygnania ich z państwa.
Na odpowiedź teologów nie należało długo czekać. Do surowego tonu pism Tertuliana i Orygenesa, postulujących rozdzielenie władzy świeckiej od duchownej, powrócili ojcowie Kościoła już na synodzie w Sardyce w 343 roku. Z podobnymi apelami zwrócili się w następnych latach Honoriusz z Kordoby i Ambroży.
Następne zmiany przyniósł edykt cesarza Teodozjusza z Thesalonik z 380 roku. Wtedy to ortodoksyjna wykładnia Kościoła Katolickiego stała się prawem państwa. Związek władzy Kościoła z władzą państwową potwierdziły: edykt z 376 roku zakazujący tajnych zgromadzeń heretyków raz edykt konstantynopolitański z 392 roku, sankcjonujący praktykowanie jakichkolwiek form kultu pogańskiego, nawet w domach prywatnych. Późniejsze edykty cesarskie dotyczące magii i czarów omówione powyżej oraz edykty regulujące sprawy dotyczące herezji, uznawały je za zbrodnie i wyznaczały za nie kary jak za najpoważniejsze przestępstwa kryminalne czyli: konfiskatę dóbr, pozbawienie prawa dziedziczenia, wygnanie, deportację i śmierć.
Kościół nie korzystał z początku w pełni z uprawnień do ścigania pogan i heretyków, jakie przyznał mu cesarz, jednak w miarę upływu czasu dyscyplina soborowa na tym polu zaostrzyła się. Poruszane były na przykład kwestie takie jak ekskomunikowanie osób zmarłych, czy posiadających książki heretyckie. Przybywało jednak coraz więcej głosów zachęcających do ścigania pogan i heretyków za pomocą ramienia świeckiego. Listę tych działaczy otwiera około 346 r. wspomniany już wyżej Firmicus Maternus, który w swym dziele o znaczącym tytule O niedorzeczności religii pogańskich zachęcał „świątobliwych” cesarzy, do konfiskaty ozdób ze świątyń pogańskich. Co do samych świątyń i posągów, zalecał ich burzenie, jako przyczynek do wzmożenia chwały prawdziwego Boga. Po budynkach i posągach nadszedł czas na wyznawców. Twórca ów stwierdzał obowiązek cesarzy dotyczący ścigania surowo i wszelkimi sposobami zbrodni bałwochwalstwa. Obowiązek ten nadany był władcom przez samego Boga, a jako uprawomocnienie swoich słów autor posłużył się surowym starotestamentowym nakazem zawartym w Księdze Powtórzonego Prawa.
Mniej radykalnym, ale bardziej poważanym kontynuatorem myśli Maternusa był św. Augustyn. Postawa Doktora Kościoła w stosunku do użycia państwa w walce z poganami zaostrzyła się wprost proporcjonalnie do eskalacji brutalnych ekscesów związanych ze schizmą donatystów w północnej Afryce. Początkowo władze świeckie miały zapewnić bezpieczeństwo ludności katolickiej, później zaś Augustyn stwierdził, że herezja może być karana tak jak inne przestępstwa, ponieważ rozbija porządek społeczny i można zaliczyć ją do tej samej kategorii co trucicielstwo. Chociaż konsekwentnie nadal twierdził, że nie można pogan nawracać siłą, to przymus w stosunku do heretyków był dozwolony. Jako poparcie swojej tezy „zbawiennego przymusu” posłużył się Augustyn przypowieścią o zlekceważeniu przez gości zapraszającego na ucztę Gospodarza. Reszty argumentów dostarczyły Augustynowi przykłady praw wydawanych przez starotestamentowych królów. Przemoc niesprawiedliwą, stosowaną przez heretyków odróżnia od przemocy stosowanej przez ortodoksyjny Kościół, który kieruje się miłością i ma na celu życie wieczne dotychczasowych przeciwników.
Podsumowując ewolucję postaw teologów starożytnych należy jednoznacznie stwierdzić, że wyważony ton dyscypliny soborowej, który wzywał państwo do tolerancji religijnej, a Kościół do zachowania właściwego względem państwa dystansu, nie znalazł szerszego oddźwięku w nadchodzących wiekach średnich. Powodem tego były działania władzy świeckiej, która za pośrednictwem prawa rzymskiego traktowała religię jako narzędzie służące utrzymaniu jedności i porządku wewnątrzpaństwowego. Innym czynnikiem, jak się okazało po upadku Rzymu bardziej nawet trwałym, było znaczenie pism świętego Augustyna, który był dla całego średniowiecza największym autorytetem. To spod pióra tego Doktora Kościoła wyszły dzieła, które dostarczyły argumentacji kolejnym pokoleniom teologów i na następne wieki ustaliły pojęcia i sposoby postępowania względem pogan, heretyków i czarowników.