Skoro tylko jakiegoś mnicha mianowano inkwizytorem, uprzedzał on o tern króla, który natychmiast zalecał wszystkim trybunałom miast, w których ów inkwizytor sprawować miał swoje urzędowanie, aby dostarczały mu wszelkiej potrzebnej pomocy; aby kazały aresztować wszelkie osoby, które im wskaże jako heretyków lub podejrzanych o herezję; aby je poddawały karom wymierzonym przez inkwizycję; aby nie cierpiały najmniejszej obrazy wyrządzonej inkwizytorowi lub jego familia-rom na koniec, aby mu wyznaczyły mieszkanie, równie też dostarczyły wszelkich wygód potrzebnych do podróży.
Pierwiastkowo inkwizytorowie nie pobierali stałej płacy; pełniący wówczas te obowiązki byli to mnisi, którzy ślubowali ubóstwo, a księża niekiedy dodawani im do pomocy byli to duchowni zaopatrzeni beneficjami; lecz ten stan rzeczy musiał się koniecznie zmienić, odkąd inkwizytorowie zaczęli podróżować w towarzystwie pisarzów, alguazilów i siły zbrojnej, a wydatki ich kazał papież pokrywać biskupom, pod pozorem, że inkwizytorowie pracują nad wytępieniem herezji w ich diecezjach. Biskupi użaliwszy się na ten uciążliwy dla nich przepis, narzucili go panom, zasadzając się na obowiązku ich nie znoszenia w swoich posiadłościach żadnego heretyka. Na koniec przyszedł czas, w którym wydatki inkwizycji zaspakajano albo sprzedażą, albo dochodami z dóbr skonfiskowanych, lub też wpływem z kar pieniężnych nakładanych w razach, gdy konfiskata jeszcze nie była postanowiona.
Skoro inkwizytor przybył do miasta, w którym zamierzał urzędować, zawiadamiał o tym magistrat i wzywał prezydenta, aby przybył do niego w oznaczonym dniu i godzinie. Naczelnik miasta stawił się u inkwizytora i zaprzysięgał mu, że wprowadzi w wykonanie wszelkie prawa o heretykach i że dostarczy mu wszelkich środków do wykrycia ich i przyaresztowania. Inkwizytorowi służyło prawo wykląć i zawiesić w pełnieniu obowiązków każdego urzędnika monarszego, który by śmiał nie być mu posłusznym, mógł nawet rzucić interdykt na całe miasto. Jeżeli przeciwnie gubernator lub naczelnik miasta nie czynili żadnych trudności w wykonywaniu rozkazów inkwizytora, ten wyznaczał dzień świąteczny, w którym miewał kazanie zalecające denuncjować heretyków i zarazem zawiadamiające, że osoby winne herezji, które oskarżają się same przed oddaniem ich pod sąd, ulegną jedynie lekkiej pokucie kanonicznej, a przeciwnie będą jak najsurowiej prześladowane, jeżeli po upływie oznaczonego terminu, zostaną denuncjowane. Miesiąc czasu zwykle termin ten stanowił.
Jeżeli w tym przeciągu czasu przytrafiały się denuncjacje, zapisywano je, lecz pozostawały bez skutku do czasu, aż się przekonano, że denuncjowani nie stawili się z własnej woli.
Po upływie oznaczonego terminu wzywano denuncjanta; oświadczano mu, że są trzy sposoby przystąpienia do wykrycia prawdy: oskarżenie, denuncjacja i inkwizycja, zostawiano mu wybór. Jeżeli wybrał pierwszy, wzywano go, aby oskarżył denuncjowanego; lecz uprzedzano go, że ulegnie karze odwetu, jeżeli uznany zostanie za potwarcę. Tej drogi używali zwykle tylko zuchwalcy, mniemający, że bezkarnie będą mogli zgubić swoich nieprzyjaciół. „Większa część oświadczała, że jedynym powodem, który ich skłonił do denuncjowania, jest obawa oznaczonej prawem kary na tych, którzy by nie wykrywali świętemu oficjum heretyków; wtedy poprzestawali na wskazaniu osób, będących według ich zdania, w możności świadczyć przeciw denuncjowanemu. Inni znowu wyjawiali wrażenie, jakie wywarły na ich umysłach pogłoski publiczne, podające oskarżonego w podejrzenie. W tym ostatnim razie przeciw oskarżonemu postępowano z urzędu.
Świadków badał sam inkwizytor, w towarzystwie pisarza i dwóch księży.
Jeżeli przygotowawcza instrukcja przekonywała o występku, lub podejrzeniu o herezję, inkwizytorowie nakazywali ujęcie obwinionego. Od tej chwili tracił on wszelkie przywileje i przytułek, jakikolwiek by zajmował stopień w społeczeństwie: aresztowano go w pośród rodziny, przyjaciół, a nikt nie śmiał stawić żadnego oporu. Skoro tylko dostał się w ręce inkwizycji, nie wolno już było nikomu z nim się znosić; nagle przez wszystkich opuszczony, zostawał pozbawiony wszelkiej pociechy. Biada czułej duszy, która by śmiała okazywać jakieś politowanie dla ofiar świętego oficjum. Oskarżonego wrzucano do okropnego więzienia, dopóki nie podobało się inkwizytorom badać go.
Tymczasem urzędnicy inkwizycji szli do mieszkania obwinionego, spisywali tam inwentarz wszystkiego co znaleźli, i przystępowali do zabrania wszelkiej jego własności. Jego wierzyciele tracili swoje pieniądze; jego żona i dzieci w najokropniejszym pozostawały niedostatku, a widziano częstokroć żony i córki cnotliwe i dobrze wychowane, doprowadzone do strasznej konieczności prostytuowania się, tak z powodu gnębiącej je nędzy, jak z powodu pogardy, na jaką narażało je nieszczęście należenia do człowieka prześladowanego przez święte oficjum.
Kiedy obwiniony przepędził w więzieniu kilka dni, a czasem i kilka miesięcy, inkwizytorowie kazali ceklarzowi, aby mu oświadczył, iż ma prosić o audiencję, ponieważ trybunał ów trzymał się ciągle tej zasady, aby oskarżony był zawsze proszącym. ‚ Gdy więzień stanął po raz pierwszy przed sędziami, zadawali mu pytania jakby go nie znali, i jak najprzebieglejszymi środkami wzywali go do przyznania się do swojego przestępstwa. Jeżeli obwiniony wyznawał się winnym herezji i prosił o pozwolenie odrzeczenia się takowej, inkwizytor zgadzał się na jego nawrócenie, jeżeli tylko nie był w stanie recydywy, co zawsze pociągało za sobą karę główną, bo inkwizycja nigdy po dwakroć nie przebacza. Odsyłano go do więzienia, aby się nawrócił i pozostawiano tam aż do przyszłego auto-da-fe; a gdy na nićm wystąpił i naznaczono mu kanoniczną pokutę, wypuszczano go na wolność. Często widziano więźniów, którym sumienie nic nie wyrzucało, a którzy woleli jednak obwinie się o jakieś przekroczenie, aniżeli uledz torturze lub umrzeć w więzieniu.
Kiedy występek przypisywany oskarżonemu okazał się nieistniejącym i kiedy tenże oskarżony nie splątał się sam w ciągu badania, inkwizytorowie dawali mu pokwitowanie, pod warunkiem, iż się formalnie odrzeknie wszelkiej herezji, i że się oczyści drogą kanoniczną z podejrzenia, które na nim ciążyło; po czym otrzymywał rozgrzeszenie ad cautelam t. j. jako były podejrzany o herezję.
Jeżeli najzwyczajniejszy wypadek niezmiernej liczby procesów, wytoczonych przez inkwizycję nie ustanawiał niezbitego dowodu, iż obwiniony jest heretykiem, jednakże prawie zawsze wskazywał, że tenże jest podejrzanym o herezję, bądź z powodu swoich twierdzeń, bądź z powodu czynów, i wtedy oficjum święte stosując kary do stopnia podejrzenia, nazywało takowe lekkim, wainem lub gwałtownym, i podejrzaną osobę skazywało, według reguł dla każdej z tych trzech kategorii ustanowionych.
Lecz jeżeli zarzuty czynione obwinionemu były ciężkie, a zapierał się przypisywanego mu występku, uważano go natychmiast za zatwardziałego heretyka; odprowadzano go zatem do więzienia i dopiero po kilkoletnim przeprowadzaniu go z więzienia na posłuchanie i z posłuchania do więzienia, doręczano mu kopię procesu, w której opuszczano nazwiska delatora i świadków, tudzież wszelkie okoliczności, które by mogły wykryć ich przed nim. Jednocześnie dodawano mu adwokata; lecz rada jego była zupełnie iluzyjna, ponieważ adwokat mógł się widzieć z obwinionym jedynie wobec inkwizytorów, i mówić tylko to, co by zmusiło obwinionego do przyznania się do występku.
Skoro obwiniony przytoczył wszelkie środki obrony, jakie miał w swojej mocy, i odpowiedział na wszelkie pytania, jeżeli odpowiedzi jego nie zaspakajały inkwizytorów, lub jeżeli występek nie był dostatecznie udowodniony, inkwizytorowie nakazywali torturę, jako środek prawie zawsze pewny do otrzymania zeznań rzetelnych lub uważanych za prawdziwe; a zeznania te wyrwane przez najokropniejsze męki, wystarczały inkwizycyjnym sędziom do spokojności ich sumienia.
Zdarzało się niekiedy, że inkwizytorowie nie uważali za potrzebę uciekać się do tortury; w takim razie przystępowano do wyroku, który wydawał inkwizytor. Wyrok ten czytano obwinionemu dopiero w chwili wykonania go.
Inkwizycja nie trzymała się zwykłej procedury, a sędziowie nie oznaczali żadnego terminu na zebranie dowodów zarzucanych czynów; w pierwszych czasach inkwizycji nie było wcale prokuratorów, obowiązanych oskarżać podejrzane osoby; formalności tej słownie dopełniał sam inkwizytor, po przesłuchaniu świadków.
Świadkowie nie byli obowiązani udowadniać przed trybunałem świętego oficjum swoich zeznań; nigdy także nie konfrontowano ich wzajemnie. Dopuszczano do świadczenia ludzi najnikczemniejszych i najniegodziwszych, a ich zeznania dostateczne były często do skazania na ogień najuczciwszego człowieka, którego całym występkiem było to, że miał nieprzyjaciół pomiędzy zbrodniarzami nie lękającymi się krzywoprzysięstwa. Dwaj świadkowie, którzy tylko słyszeli o jakiej rzeczy, wyrównywali jednemu, który ją widział lub słyszał sam; innego zarzutu nie potrzeba było, aby poddać obwinionego pod tortury. Delatorów samych przyjmowano za świadków; na koniec z pominięciem wszelkich praw i najzdrowszej moralności, służący mógł świadczyć przeciwko swemu panu, mąż przeciwko żonie, żona przeciwko mężowi, syn przeciwko ojcu, a ojcowie przeciw własnym dzieciom. Cóż to za szeroka droga, otwarta dla zemsty i zdrady, protegowanych przez tajemnicę!
Inkwizytorowie dopuszczali wyłączenie tylko w razie najgwałtowniejszej nieprzyjaźni; aby zaś przekonać się o prawdziwości tej nieprzyjaźni, zapytywali obwinionego czy miał nieprzyjaciół, od jakiego czasu i jaka była przyczyna ich nienawiści? dowód przyjmowano, a sędziowie uwzględniali go. W początkach inkwizytorowie zręcznie wybadywali obwinionego, czy zna wskazywane mu pewne indywidua; były niemi denuncjant i świadkowie, o czym obwiniony nie wiedział, i jeżeli z jakiego bądź powodu obwiniony zaprzeczał, tracił prawo wyłączenia ich jako nieprzyjaciół. Obwiniony mógł także wyłączyć samego nawet inkwizytora; lecz wpadał zwykle ze Scylli w Charybdę. Na koniec obwiniony mógł jeszcze apelować do papieża od czynów i środków przedsięwziętych przez trybunał; lecz gdy inkwizytorowie ze wszelką łatwością mogli wyjeżdżać do Rzymu i tam usprawiedliwiać swoje postępowanie, najlepiej zatem uzasadnione apelacje, prawie zawsze odrzucano, a nieszczęśliwi obwinieni, idąc na karę, dowiadywali się o skutku tego słabego i ostatniego środka.
Taki był sposób postępowania trybunałów dawnej inkwizycji; kto czytał jej ustawy, osądzi, iż nie podobna zredagować kodeksu bardziej święcie barbarzyńskiego, lecz nowoczesna inkwizycja dowiodła, że dopięła tego.